Puedes cargar la lipo al amperaje que quieras siempre respetando el limite maximo de 1C si la lipo no esta preparada para mas.
Si la cargas por debajo no hay problema, lo unico que tardara mas. Que cargue a 1A el cargador y la lipo sea de 5000mah no significa que tarde 5 horas exactas, esto ya lo mide el cargador. El problema es que hay cargadores que a los 120 minutos de estar cargando se autodesconectan para no sobrecargar la bateria pero al cargarla a tan bajo amperaje la bateria no se ha llenado aun.
Lo suyo seria que te compraras un cargador de la seccion que te dice crazyboy y asi pudieras poner la lipo a cargar a 5A.
Puedes desconectarla cuando quieras, no hay problema, es como el movil, lo conectas a cargar y lo desconectas cuando te hace falta.
Hazle una foto al cargador y ponla aqui para ver cual es.